应用简介
Cytoscape是一个开源软件平台，用于可视化复杂的网络并将其与任何类型的属性数据集成。也可用于各种问题领域，包括生物信息学，社交网络分析和语义网，支持分子和系统生物学，基因组学和蛋白质组学中的许多用例。
Cytoscape提供了一组用于数据集成，分析和可视化的基本功能。附加功能可作为 应用程序使用（以前称为插件）。应用程序可用于网络和分子谱分析，新布局，其他文件格式支持，脚本以及与数据库的连接。
【功能说明】
【支持多种标准】Cytoscape支持很多标准的网络和注释文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 还支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以导入由其他应用程序或电子表格程序生成的数据文件，如表达谱或GO注释。使用该功能，您可以加载和保存节点、边和网络上的任意属性。例如，为您的蛋白质输入一组自定义注释术语，为您的蛋白质-蛋白质相互作用创建一组置信值。
【公共数据库客户端】Cytoscape是作为一个网络服务客户端工作的，这意味着Cytoscape可以直接连接外部公共数据库，导入网络和注释数据。这意味着Cytoscape可以直接连接到外部公共数据库，并导入网络和注释数据。目前，我们支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我们还将继续为热门数据库开发新的服务客户端。
【互操作性】由于Cytoscape支持导入/导出标准文件格式，你可以很容易地将Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一个由 igraph 或 Bioconductor 生成的网络数据，Cytoscape 可以将该文件以文本表的形式加载，并以 PSI-MI 格式导出，供其他生物信息学工具或你自己的应用程序/脚本使用。
从 3.3 版本开始，Cytoscape 支持 RESTful API 的编程访问。你可以使用你选择的编程语言来访问Cytoscape的核心功能，如创建网络，应用布局，或图像导出。
【会话文件】你可以通过一键保存你的工作。所有的设置、数据文件和可视化都打包在一个会话文件中。它被称为Cytoscape会话（.cys）文件。Cytoscape 会话文件包括网络、属性(节点/边缘/网络)、桌面状态(选择/隐藏节点和边缘、窗口大小)、属性、一些插件状态和可视化风格。
【布局】在二维空间布局网络。 有多种布局算法可供选择，包括循环、树形、力导向、边缘加权和yFiles有机布局。您也可以使用类似于其他图形应用程序用户界面的手动布局工具。
【图像导出】您可以将网络导出为可发布的高质量图像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量图像（PDF和PS）可以通过其他应用程序（如Adobe Illustrator）进行修改，以进一步增强。
【VizMapper】使用强大的VisualStyles自定义网络数据显示。在网络上查看基因表达比和p值的叠加。 表达数据可以根据用户配置的颜色和可视化方案，映射到节点颜色、标签、边界厚度或边界颜色等。
