应用简介
cytoscape中文破解版是一款方便易用的信息数据分析编辑软件。该软件界面美观，可以让我们分析各种数据，通常被使用在生物信息分析等领域，通过多种形式的网络图形为用户显示分析结果，让我们可以更方便地了解数据之间的关联和变化趋势。
【功能特点】
以多种标准格式加载分子和遗传相互作用数据集
项目和集成全局数据集和功能注释
在这些数据之间建立强大的可视化映射
使用细胞视图应用程序执行高级分析和建模
可视化和分析人为策划的路径数据集，如维基路径、反应堆和KEGG。
【使用说明】
1. 安装并打开Cytoscape
2. 导入蛋白质互作网络数据库中参考物种的蛋白互作网络
网络文件格式包括：TXT、SIF、GML等，在Cytoscape安装目录下有Sample Data，是部分网络文件的示例。
本地导入参考物种的蛋白互作网络
Cytoscape默认将文件第一行作为列名。如果文件第一行是基因，在导入网络时要在Advanced Options中取消用第一行作为列名。
然后选择每一列数据的属性，包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等，同时对应不同颜色和图标标记。
导入后，右上部窗口内展示蛋白互作网络图，右下部为网络图的相关节点 (Node) 及边 (Edge) 的数据信息。左侧为导入的网络目录和网络属性 (Style) 设置菜单。
从公共数据库中获得参考物种的蛋白互作网络
例如要导入某个物种的蛋白质互作网络：选择物种和想要查看的数据库，搜索包含该物种蛋白互作网络的数据库，导入数据(时间稍长)。
3. 在Layout选项下可以选择方便观测的布局(默认导入的布局方式为Perfuse Force Directed Layout)。
4. 设置网络节点和边的风格 (Style)
在Style选项卡下Node设置中对点的形状、颜色、大小等进行设置。例如：选择Shape为圆形、Fill Color为灰色、节点的高度 (Meight) 和宽度 (Width) 为50.0。
在Style选项卡下Edge设置中对边的形状、颜色、大小等进行设置。例如，将连线的颜色设置为蓝色，同时设置到Target方向的箭头同样为蓝色。
5. 导入差异表达基因及其属性列，映射到互作网络中作为各节点的拓扑性质。
选取目标网络、设置关键列 (Column1)、选择需要的节点属性列(可以选取多列，本例选取Column2，并重命名为Label，其中为up/down数据)。
6. 根据上下调基因 (up/down) 标示网络，定义上调基因 (up) 为红色，下调基因 (down) 为蓝色。
7. 导出数据
导出图像Export Network as Graphics。
导出数据 Export Table。
可导出数据面板中的网络节点、边和整体网络的信息。
在弹出窗口编辑导出文件名。
