应用简介
Geneious Prime 2020是一款专业的生物学分析软件。该软件完美支持数据的管理操作，支持快速拖放插入数据，能够快速查和分析，包含与序列和遗传相关的所有数据，在设计和构建方面完全没有任何的限制。
【功能特点】
一、解锁序列数据的值
1、序列分析与基因组学
友好的直观界面，包含用于Sanger，NGS和长读序列分析的基本基因组学工具，包括成对和多重比对，从头组装，作图，表达分析，变体调用，NGS可视化，序列和色谱图分析，自动注释，以及系统树的构建。
2、分子生物学
在一个界面中执行各种克隆和引物设计操作。自动注释质粒图谱和表达载体。模拟各种分子克隆操作，包括限制性克隆，Gibson组装，Gateway克隆和TOPO克隆。设计和测试引物，找到CRISPR位点，并优化密码子。
3、数据管理
只需拖放即可以通用文件格式（包括Genbank，SnapGene，FASTQ，FASTA，BAM，VCF，GFF）导入，导出和转换序列，注释和注释，或导入完整的Vector NTI数据库。通过自动过滤文档过滤，批处理重命名和文档历史记录的方式来安排和浏览数据库。适用于Mac，Windows和Linux。
二、您科学研究的中坚力量
1、自动化
创建自己的自动化工作流程或使用内置的工作流程来提高效率，控制业务流程并减少研究中的人为错误。直接连接到数据库，包括UniProt，NCBI（Entrez），BLAST和PubMed。数据库搜索可以自动进行，使您能够连续接收有关基因组，序列和蛋白质结构的最新信息。
2、合作
借助基于文件夹的直观组织和无缝集成的共享数据库，可跨团队转换数据管理，提高流程效率并改善协作。还可以购买Geneious Server数据库，以更高级别的控制权和更高的安全性来购买贵组织通过标准共享数据库进行的数据访问。
3、定制
通过我们可用于组装，比对，系统发育等的插件集合，扩展Geneious Prime的功能。与现有系统集成，并使用高度可互操作的API添加您自己的自定义算法。
三、慷慨的总理已涵盖
1、NGS预处理
导入Illumina，PacBio和NanoPore读取
修剪，过滤和解复用单端和成对端数据
合并配对的读
重复数据删除
错误纠正和规范化
滤除嵌合体
2、制图和重新组装
只需在业界领先的制图算法和从头组装算法之间切换
支持汇编Sanger和NGS数据，包括任何长度的Illumina，PacBio和Oxford纳米孔读取，包括双端读取和混合装配
组装微生物基因组，质粒和其他环状序列时产生环状重叠群
基因组比较和MAUVE基因组比对结束
映射程序包括Geneious，Geneious for RNA Seq，BBMap，Minimap2，Bowtie2和TopHat
从头组装算法，包括Geneious，SPAdes，Flye，MIRA，Tadpole和Velvet
3、变体调用和表达分析
使用Geneious或FreeBayes调用SNP /变体
使用同步的基因组视图对表格结果进行实时过滤
在映射的RNA-seq数据上计算和比较表达水平
使用PCA和火山图进行可视化
4、序列分析
修剪，组装和查看Sanger测序跟踪文件
更正基础调用并创建共识序列
注释主题，ORF和重复
预测基因和结构元素
通过针对数据库的相似性搜索进行实时注释
快速翻译选择内容，或显示注释或所选框架的翻译
动态图和统计信息，用于序列特性，例如pI，分子量，熔点，AA组成等
5、序列比对
DNA或蛋白质的多重和成对序列比对，包括全基因组比对
与包括Geneious Aligner，MUSCLE，MAFFT，Clustal Omega，MAUVE和LastZ在内的可信算法保持一致
使用实时翻译和突出显示查看和编辑路线
6、系统发育学
使用Geneious树构建器，MrBayes，PAUP *，PhyML，RAxML等构建树
可视化，编辑和标记您的树
交互式距离矩阵查看器
出版物质量出口
7、微卫星分析
导入原始ABI跟踪文件
修剪，预测和手动调整峰
Bin进入等位基因
产生等位基因调用的表格输出
8、分子克隆
查看质粒图谱，自动注释载体以及带有注释的复制粘贴序列
一步式GoldenGate（IIS类型）和限制克隆
基于同源性的克隆，包括Gibson，GeneArt和In-Fusion
TOPO克隆
克隆操作的父母/后代血统追踪
密码子优化和反向翻译
沉默突变分析以发现潜在的限制性酶切位点
模拟PCR，消化和连接
CRISPR站点查找器
9、底漆设计
自动设计针对任何靶标区域或整个序列的PCR和测序引物以及杂交探针
在序列视图中轻松添加引物
设计基本和简并PCR引物
在设计过程之前，之中或之后添加和删除引物序列的延伸
引物特异性测试，以检查模板序列上是否有其他结合位点
筛选物理性质，发夹和引物二聚体
以FASTA，电子表格或GenBank格式拖放引物
【软件亮点】
1、分析CRISPR编辑结果（2020.2）
轻松对齐，聚类和可视化CRISPR编辑实验中的NGS读数。通过您选择的应用程序（包括HDR，NHEJ和基础编辑器）分析变体的频率及其蛋白效应。
2、增强型搜索选项（2020.2）
通过一个统一的界面快速访问您的文档，文件夹，分析工具和最近查看的项目。
3、密码子优化和反向翻译改进（2020、2020.1和2020.2）
2020.2 –将鼠标悬停在优化密码子上，以获取有关同义密码子及其频率的更多信息。
2020.1 –为模型生物定制密码子优化参数。
2020年–全新的密码子优化算法使您可以通过从蛋白质或核苷酸序列开始生成新序列，来匹配所选生物体的密码子用法。
4、分析CRISPR编辑结果的新工具
从CRISPR编辑实验的结果中比对NGS测序并使其聚类
支持各种应用程序，包括HDR，NHEJ和基本编辑器
可视化与未突变参考序列相比的变体
分析变体的频率及其蛋白效应
5、增强的搜索界面
使用文本查询从单个统一界面实时搜索文件夹和文档
搜索Geneious Prime中可用的分析工具（操作）的新功能
轻松访问其他高级搜索选项
快速访问最近查看的文件夹和文档
6、密码子优化改进
有关优化密码子注释的信息工具提示可在所选密码子使用表中提供有关同义密码子及其频率的信息
现在，在通过选择注释优化选择的区域时，将考虑包括方向性和CDS codon_start信息在内的注释属性
当以多个间隔优化选定注释时，跨间隔优化选择，并且允许密码子跨越相邻间隔
当优化反向选择区域时，反向互补序列现在已优化
